Logo Lucas Palmeira Lucas Palmeira

Projetos em Destaque

FUNIN — Fungal Inulinase Database

Stack: Python • Flask • MongoDB • Docker

Plataforma para catalogar e visualizar inulinases fúngicas GH32 com dados curados para engenharia enzimática orientada por IA.

Acessar FUNIN ↗

GH32 ELT Pipeline

Stack: Python • Docker • MongoDB • CLEAN

Workflow ELT para extrair dados do InterPro e UniProt, transformar informações funcionais e estruturar o banco FUNIN.

Ver repositório ↗

SAGAPEP

Stack: Python • Scikit-learn

Pipeline preditivo para avaliação de atividade de peptídeos antimicrobianos contra SARS-CoV-2.

Experiência Profissional

Mestrando em Bioinformática — UFMG

Belo Horizonte, MG | 08/2023 – Presente

  • Desenvolvimento de estratégias orientadas por IA para otimização de inulinases fúngicas GH32 do FUNIN usando algoritmos genéticos e ESM2.
  • Avaliação dos melhores candidatos por simulações de dinâmica molecular híbrida QM/MM para investigar mecanismos catalíticos, interações com substrato e estabilidade dinâmica.
  • Criação da plataforma web FUNIN para catalogação e visualização de dados sequenciais, estruturais e funcionais de enzimas GH32.
  • Implementação de workflow ELT completo com extração automática de dados de InterPro/UniProt e predição funcional por contrastive learning (CLEAN).

Estágio de Pesquisa — Laboratório de Bioinformática e Química Computacional (LBQC)

Jequié, BA | 08/2019 – 07/2023

  • Pipeline preditivo para avaliação de atividade antimicrobiana de peptídeos contra SARS-CoV-2 com modelos de machine learning.
  • Workflow de triagem virtual de compostos naturais da Caatinga contra enzimas metabólicas de Leishmania, integrando ROCS, AutoDock 4 e dinâmica molecular.
  • Priorização de candidatos com melhor afinidade de ligação e análise de estabilidade estrutural em condições fisiológicas por GROMACS e AMBER.

Publicações Selecionadas

Palmeira, L. S., et al. FUNIN - a fungal glycoside hydrolases 32 enzyme database for developing optimized inulinases. International Journal of Biological Macromolecules, 2025.

De Carvalho Cardoso, E. S., et al. Production and application of inulinase by new isolates of Aspergillus welwitschiae. Food Chemistry, 2025.

Guevara-Vega, M., et al. Chapare virus infection and current perspectives on dentistry. Clinical Oral Investigations, 2024.

Silva Andrade, B., et al. Computational screening for potential drug candidates against the SARS-CoV-2 main protease. F1000Research, 2020.